2002 年开始，为刺激陈化粮消耗，国家对燃料乙醇行业给予了原料、税收、补贴等多项优惠政策来促进产业发展：包括对四家定点企业免征 5%的消费税，对生产燃料乙醇的增值税实行先征后返，以低于市场的价格调配原料并实行补贴等。当时补贴方式为成本加利润型。
参考观研天下发布《2017-2022年中国燃料乙醇市场发展现状及十三五投资价值分析报告》
2005 年后陈化粮库存基本用完，且玉米、小麦等原料价格猛涨，补贴力度逐渐收弱，补贴方式也改为定额补贴。
2012 年对粮食乙醇的补贴标准进一步下调为 500 元 / 吨。2013-2015 年，中央财政对已核准项目以粮食为原料的生物燃料乙醇继续给予补贴，但补贴标准逐年下降：2013 年 300 元/吨、2014 年200 元/吨、2015 年 100 元/吨，至 2016 年不再补贴。以木薯等为原料的非粮乙醇补贴标准 750 元/吨。二代燃料乙醇的补贴标准连带下滑：2012-2014 年间补贴标为 800 元/吨；2015-2016 年下调为 600 元/吨。
税收政策的优惠也在逐渐降低，消费税和增值税减免比例在近几年里逐渐调整到和其他企业一致。
增值税：以粮食为原料生产用于调配车用乙醇汽油的变性燃料乙醇，原来实行增值税全额返还政策；自 2011 年 10 月起退税比例逐年降低。
2011 年 10 月 1 日至 12 月 31 日退税比例为 80%，2012 年退税比例为 60%，2013 年退税比例为 40%，2014 年退税比例为 20%，自2015 年 1 月 1 日起，取消增值税先征后退政策。
消费税：自 2011 年 10 月 1 日起，以粮食为原料生产用于调配车用乙醇汽油的变性燃料乙醇逐渐恢复征收消费税，税率为 5%。其中2011 年 10 月 1 日至 12 月 31 日减按 1%征收，2012 年减按 2%征收，2013 年减按 3%征收，2014 年减按 4%征收，自 2015 年 1 月 1 日起，按 5%全额征收。
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